二周目 (Second Level)，是氫氣工藝伺服器在2018年10月5日至2019年5月24日期間的存檔(包括所有世界)。該周目是氫氣工藝伺服器發展的雛形，該周目所擁有的資源、技術、人脈都是一周目無法相比的。
歷史
伺服器平台
在一周目時期，伺服器仍然使用家用機運行服務端。而家用機的寬帶、運行內存、處理器性能都與專業的服務商無法比擬。所以在9月下旬，檸檬將空閒的面板服給了伺服器使用。即使性能依然拉跨，但鑑於伺服器當時人數稀少，也無傷大雅。
在10月國慶，檸檬的好友雞翅提出可以和氧氣共用主機，減少開支。檸檬在玩家群內發起了公投，但大部分玩家不同意，遂取消此計劃。
而此時伺服器的資金全部由上校支出。
版本實驗
當時的伺服器版本依然處於1.7.10，在10月的一次客戶端更新中，檸檬突發奇想，想在保留存檔的情況下提升伺服器版本至1.10.2，便進行了實驗，可最終以RealTrainMod衝突告終。
十二七事件
2018年10月27日，伺服器多個地區遭受到不同程度的破壞。包括但不限於濱城、西京、常磐。破壞方式主要以TNT爆炸為主，至今仍不清楚原因。
檳城事件
三服合併
西京地鐵
使用VPS
鋰洲聯盟
白嫖伺服器
時間線
SCP時期
SCP時期是二周目的一部分組成。時間段為2018年10月至2018年12月。該期間伺服器仍然以鐵路建設、城市建設為中心，也同時發展出其他方面的娛樂項目。SCP就是延伸出來的畸形的典型。
2018年10月，雷霆進入了當時尚未建立審核制度的伺服器。在當時，他是與上校同級的，伺服器的主要技術力。
濱城時期
濱城時期一般指2019年1月至2019年3月。該時期伺服器建設偏重濱城，導致其他城市的發展受限。
濱鋰時期
濱鋰時期一般指2019年4月至2019年5月。該時期伺服器建設中心主要存在於濱城以及鋰洲四市，由於鋰洲聯合體的產生，將建設重心從濱城分散開。